2017年3月10日，瀾滄江—湄公河合作中國秘書處（以下簡稱“瀾湄合作中國秘書處”）在北京成立，是中國參與瀾湄合作的協調機構。瀾湄合作中國秘書處設在外交部，主要承擔規劃、協調、落實和宣傳等四項職能，即規劃機制建設和務實合作；協調聯絡中國相關部門、地方政府和湄公河國家推進合作；審批管理瀾湄合作專項基金，推動合作項目落實；同時做好輿論宣傳，不斷擴大機制影響。秘書處自成立以來積極發揮作用，推動和參與了瀾湄合作框架下許多活動和項目。
2017年6月12日，瀾湄合作中國秘書處云南聯絡辦公室在云南省外辦成立。該聯絡辦公室是瀾湄六國成立的第一個地方協調機構，是云南省參與瀾湄合作的協調機構。
瀾湄合作中國秘書處設有“瀾滄江—湄公河合作中國秘書處”官方微信公眾號和“瀾滄江—湄公河合作”官方網站。
